1938年10月，中华民族解放行动委员会（农工党前身）中央机关迁来重庆。1946年5月，在中央机关离开重庆前，设立了四川省干部会。1947年2月，更名为中国农工民主党。1947年3月，成立农工党重庆市党部。

1950年3月，成立农工党重庆市临时工作委员会。1951年7月，成立农工党重庆市工作委员会，办公地点迁至韦家院坝14号（今渝中区民生巷16号），2016年10月办公地点迁至重庆市江北区北滨一路359号。1956年至1992年，先后成立农工党重庆市第一至第七届委员会。1997年4月，组建直辖后第一届委员会。2002年成立第二届委员会。2007年4月，成立第三届委员会。2012年4月，成立第四届委员会。2017年4月，成立第五届委员会，现任主委为杜黎明。市委机关设组织处、宣传处、办公室、参政议政处、社会服务处等五个职能部门。